HaloTag Protein Purification System slouží k purifikaci HaloTag fúzních proteinů. HaloTag technologie umožňuje efektivní a specifický záchyt značených proteinů na HaloLink pryskyřicích pomocí kovalentní vazby. Zachycený protein je pak z povrchu pryskyřice uvolněn pomocí TEV proteázy, která štěpí specifickou peptidovou sekvenci, která je součástí HaloTagu. Díky pevnosti a specifitě vazby má tento purifikační systém vysokou výtěžnost, protože nedochází ke ztrátám při promývání a je tak ideální i pro purifikaci proteinů exprimovaných v malých množstvích.