HaloCHIP Systém je novou metodou pro kovalentní záchyt intracelulárních protein:DNA komplexů bez použití protilátek, která představuje účinnou a robustní alternativu ke standardním chromatinovým imunoprecipitacím (CHIP assays). Sledovaný protein je v buňce exprimován jako HaloTag fúzní protein, následně je zesíťován s DNA pomocí formaldehydu a zachycen na HaloLink pryskyřici. Ta s HaloTagem rychle tvoří vysoce specifickou kovalentní vazbu, což umožňuje důkladné promývání a odstranění balastních proteinů a DNA. Zahřátím se pak rozruší vazba mezi fúzním proteinem a fragmentem DNA, který lze dále purifikovat a analyzovat. Oproti klasickým CHIP esejím lze s HaloCHIP technologií získat výsledky už za 24-48 hodin a protokol vyžaduje méně kroků. Vyšší poměr signál/šum umožňuje detekci i malých změn vazby proteinu na DNA z velmi malého počtu buněk.